- Akių ligų skyrius
- Ambulatorinės reabilitacijos skyrius
- Anesteziologijos, reanimatologijos ir kritinių būklių centras
- Ausų, nosies, gerklės ligų skyrius
- Bendrosios chirurgijos centras
- Chirurginių instrumentinių tyrimų skyrius
- Dienos chirurgijos, artroskopinės chirurgijos ir sporto medicinos skyrius
- Fizinės medicinos ir reabilitacijos skyrius
- Ginekologijos skyrius
- I Chirurgijos skyrius
- I Neurologijos su smegenų kraujotakos sutrikimais skyrius
- II Chirurgijos skyrius
- II Neurologijos su smegenų kraujotakos sutrikimais skyrius
- Intervencinės radiologijos skyrius
- Kraujagyslių chirurgijos skyrius
- Kraujo bankas
- Krūtinės chirurgijos skyrius
- Neurochirurgijos skyrius
- Operacinis anesteziologijos skyrius
- Ortopedijos ir traumatologijos centras
- Ortopedijos skyrius
- Planinės pagalbos skyrius
- Plastinės ir rekonstrukcinės chirurgijos skyrius
- Psichosomatinių susirgimų skyrius
- Radiologijos skyrius
- Reanimacijos ir intensyviosios terapijos skyrius
- Skubios medicinos centras
- Skubios pagalbos skyrius
- Stacionarinės reabilitacijos skyrius
- Terapijos skyrius
- Terminių traumų skyrius
- Toksikologijos centras
- Toksikologijos reanimacijos ir intensyvios terapijos skyrius
- Traumatologijos skyrius
- Ūminių apsinuodijimų skyrius
- Urologijos skyrius
